برای درک بهتر تفاوت بین لینوکس و یونیکس در ابتدا قصد داریم که یک تعریف مختصر و مفید از هریک از آنها و همچنین سیر تکاملی که طی کرده اند را بیان کنیم.

یونیکس یک سیستم‌عامل چند وظیفگی و چند کاربره است که تاریخ اولین انتشار آن در سال ۱۹۶۹ بود، در سال ۱۹۷۱ میلادی Research Unix به طور داخلی انتشار یافت و اکتبر ۱۹۷۳ در خارج از آزمایشگاه‌های بل انتشار یافت. یونیکس در آغاز به زبان اسمبلی نوشته شد اما در سال ۱۹۷۳ به طور کلی به زبان سی بازنویسی شد، این کار موجب توسعه یونیکس گردید. در اواخر دهه ۱۹۷۰ و اوایل دهه ۱۹۸۰ یونیکس به سرعت رشد کرد و راه خود را از دانشگاه ها به محیط تجاری باز کرد. این امر سبب گردید نسخه های تایید شده مختلفی از یونیکس بوجود آید. زبانی که یونیکس توسط آن در دسترس است انگلیسی می باشد و هسته ی که در آن به کار برده شده است، یک هسته یکپارچه است. سیستم عامل یونیکس به طور تاریخی متن بسته ایجاد شد، اما درحال حاضر بعضی پروژه‌ها شامل خانواده BSD و illumos متن باز هستند. وضعیت توسعه در این سیستم عامل فعال می باشد و همچنان در حال گسترش می باشد. واسط کاربری که در این سیستم عامل به کار می رود، واسط خط فرمان است. پیش تر گفتیم که با توسعه سیستم عامل یونیکس نسخه های تایید شده ای از آن بوجود آمد اما در کنار این نسخه های تایید شده نسخه های دیگری نیز پدید آمدند، این سیستم‌ها با آنکه با استانداردهای یونیکس کاملاً یا تقریباً سازگار بودند، اما توسط مؤسسه اپن گروپ تایید نشدند و حق استفاده از نام Unix را ندارند.

و اما لینوکس، یک سیستم‌عامل شبه یونیکس است. بخش عمدهٔ آن سازگار با استاندارد پازیکس است. لینوکس به خودی خود تنها یک هستهٔ سیستم‌عامل است و از طریق ترکیب کردن آن با ابزارها و برنامه‌های دیگر است که می‌تواند یک سیستم عامل را تشکیل دهد. بنیاد نرم‌افزار آزاد به چنین سیستم‌عاملی «گنو/لینوکس» می‌گوید اما به طور معمول آنرا لینوکس می‌گویند. لینوکس یک شبه یونیکس آزاد هست(Linux is a Free Unix Like) که در سال ۱۹۸۳ با شروع پروژه گنو کارش رو آغاز کرد. هدف اصلی پروژه گنو یا GNU این بود که یه سیستم عامل آزاد شبیه به یونیکس رو ایجاد کنه. به همین جهت می بینیم که دستورات و برنامه ها و فلسفه ی این دو سیستم عامل یعنی GNU/Linux و Unix بسیار شبیه یکدیگرند. نوع منبع این سیستم عامل آزاد و متن باز است. تاریخ اولین انتشار لینوکس به سال 1991 برمی گردد. نوع هسته ای که در این سیستم عامل به کارگرفته شده است، یکپارچه است و واسط کاربری که در آن استفاده می شود به دو صورت گرافیکی و خط فرمان است، که این امر به تنهایی موجب محبوبیت بیش از اندازه این سیستم عامل شده است. قابل ذکر است که وضعیت توسعه در این سیستم عامل فعال می باشد و روز به روز در حال پیشرفت است. به سیستم‌عامل بنا شده با هسته لینوکس، توزیع لینوکس (linux distribution) می‌گویند که به طور معمول شامل ابزارهای گسترش نرم‌افزار، پایگاه‌های داده، سرویس دهنده‌های وب مثل آپاچی و ... هستند. امروزه توزیع های مختلف و محبوبی بر پایه لینوکس بوجود آمده است و انتظار می رود که بر تعداد آنها نیز افزوده شود.

در ابتدای پیدایش لینوکس تفکر عمومی بر این باور بود که این سیستم عامل جهت مقابله و رقابت با سیستم عامل ویندوز طراحی شده است، در حالی که هدف از ایجاد این سیستم عامل قد علم کردن در مقابل سیستم عامل قدیمی یونیکس بوده و هست. سیستم عامل unix بسیار قدیمی به شمار می رود و می توان آن را به نوعی پدر سیستم عامل های دیگر به شمار آورد. فلسفه طراحی این سیستم عامل برای کار با تعداد کامپیوتر بالا بود. با توجه به سختی کار با این نوع سیستم عامل، معمولا تعداد افرادی که به آن تسلط قابل قبولی دارند بسیار اندک است و برای استفاده از آن باید هزینه بالایی پرداخت کنید. در مقابل سیستم عامل linux توسط شخصی به نام لینوس توروالدز ایجاد گردید و بر خلاف unix استفاده از آن کاملا رایگان است و یادگیری کار کردن با آن نیز بسیار ساده تر از unix می باشد. unix را می توان به عنوان یکی از قدیمی ترین سیستم عامل های موجود به شمار آورد، اما با وجود این قدمت تغییرات زیادی بر روی این سیستم عامل صورت نگرفته است و این یکی از ایراداتی است که منتقدان این سیستم عامل به آن وارد می کنند. در سیستم عامل unix رابط کاربری فدای قدرت پردازش های سنگین شده است و به همین علت است که رابط های کاربری unix بسیار دشوار است. سیستم عامل یونیکس برای سرور طراحی شد ه است، در حالی که سیستم عامل لینوکس هم برای سرور و هم برای کلاینت طراحی شده است، لذا هم دارای رابط کاربری گرافیکی GUI می باشند و هم دارای رابط خط فرمان یا همان shell می باشند. شایان ذکر است در سیستم عامل لینوکس جهت بالا بردن قدرت پردازش می توان محیط گرافیکی یا همان GUI را به محیط shell تبدیل کرد. همانطور که اشاره کردیم سیستم عامل linux هم برای سرور و هم برای کلاینت طراحی شده است و همین امر موجب محبوبیت روز افزون این سیستم عامل شده است و توسط کاربران زیادی مورد استفاده قرار می گیرد. جهت استفاده از سیستم عامل یونیکس شما می بایست هزینه پرداخت نمائید در صورتی که استفاده از سیستم عامل لینوکس کاملا رایگان است و برای استفاده از آن نیازی به پرداخت هزینه ندارید. شاید تا به حال عبارت open source در مورد سیستم عامل ها را شنیده باشید، این ویژگی به این معنا است که شما می توانید در هسته سیستم عامل به دلخواه تغییرات ایجاد نمائید و به نوعی یک سیستم عامل شخصی را ایجاد نمائید. این ویژگی در سیستم عامل لینوکس وجود دارد و در مقابل یونیکس به نوعی Closed Source می باشد و امکان ایجاد تغییر در هسته آن وجود ندارد. تفاوت های اساسی این دو نوع سیستم عامل را به طور خلاصه می توان اینگونه بیان کرد: یونیکس یک سیستم عامل قدیمی است و لینوکس به نوعی برگرفته از این سیستم عامل است. یونیکس دارای رابط گرافیک نمی باشد اما لینوکس رابط گرافیکی دارد. استفاده از یونیکس با پرداخت هزینه است در صورتی که استفاده از لینوکس رایگان است. لینوکس متن باز است و قابلیت تغییر در هسته آن وجود دارد در حالی که یونیکس متن بسته و امکان تغییر درهسته آن وجود ندارد.